Дар соли 1997 Аламхон Кӯчарзода дар мавзӯи «Мавқеи нақди матн дар адабиётшиносии тоҷик ва масъалаҳои насри Садриддин Айнӣ» рисолаи докторӣ ҳимоя карданд, ки он саҳифаи тозаеро дар рушди матншиносӣ ташкил дод. Монографияи «Нақди матн ва масъалаҳои матншиносии насри Садриддин Айнӣ» (Душанбе: Матбуот, 2002. – 270 с.) масъалаҳоеро фаро гирифтааст, ки ба инкишофи матншиносӣ дар замони муосир, нашри интиқодии осори на фақат адибони пешин, балки нависандагони муосир низ мусоидат мекунанд. Инҳо масъалаҳои манбаъҳои матншиносии тоҷик, ба чопи илмӣ тайёр кардани асарҳои адабиёти классикии тоҷик, масъалаҳои танқиди матни Садриддин Айнӣ, матншиносии адабиёти муосири тоҷик, таърихи эҷоди асар ва маҳорати нависанда, таърихи эҷоди асар чун як қисми тинохти таърихи матн, таҳаввули матни «Дохунда» ва ҷаҳонбинии нависанда, ҷараёни эҷод ва масъалаҳои тарҷумаи насри Айнӣ, варианти замони ҳаёти нависанда ва масъалаҳои поэтикаи матн, санагузорӣ ва дараҷаи эътибори матни бадеӣ, роҳҳои муайян кардани иродаи эҷодии нависанда, таҳаввули матн ва тафаккури бадеӣ, таҳқиқи хусусиятҳои услубии матн, нашри осори нависанда баъди вафот ва роҳҳои ба вуҷуд овардани матни илмӣ мебошанд, ки ҳамагӣ чун дастури омӯзиш ва татбиқи амалии матншиносии давраи нав хизмат мекунанд.

Як силсила мақолаҳои давраи баъди дифои рисолаи докторӣ, аз қабили «Айнишиносӣ ва нашри куллиёт», «Назаре ба манбаъҳои матншиносии тоҷик», «Матншиносӣ ва такмили ҷараёни таълим», «Санагузорӣ ва дараҷаи эътибори матн», «Чопи куллиёт ва таҳаввулоти куллӣ», «Муаммои нақди матни рубоиёти Хайём», «Нигоҳе ба таърихи нақди матн», «Чанд мулоҳиза аз фаъолияти муҳарририи С. Айнӣ», «Устод Айнӣ – муҳаррири осори Ҷалол Икромӣ», «Деҳотӣ – муҳаррири осори устод Айнӣ», «Табаров ва масъалаҳои матншиносӣ» ва чанде дигар паҳлуҳои нав ва то ҳол корнахӯрдаи илми матншиносиро равшан мекунанд.