Ҷаъфар Холмӯъминов муаллифи монографияҳои “Ҷомӣ ва таълимоти ваҳдат-ул-вуҷуд” (ба забони ӯзбекӣ, Тошканд, 2008), “Фалсафаи Ваҳдат ул-вуҷуд ва таълимоти Нақшбандия (Бар асоси дидгоҳҳои Ибн ал-Арабӣ, Хоҷа Муҳаммади Порсо, Хоҷа Аҳрори Валӣ ва Мавлоно Абдураҳмони Ҷомӣ)” (Тошканд, 2020, ба забони ӯзбекӣ), “Ҳастишиносии тасаввуф” (Тошканд, 2021, ба забони ӯзбекӣ) ва “Ирфонпажӯҳии татбиқӣ” (Тошканд, 2021, ба забони ӯзбекӣ), муаллифи китоби омӯзишии “Фалсафаи тасаввуф. Қисми 1. Онтологияи тасаввуф.” (Тошканд, 2021, ба забони ӯзбекӣ), муаллифи рисолаҳои илмӣ аз қабили “Рӯзгор ва осори Ороми Понғозӣ” (ба забони тоҷикӣ, Тошканд, 2015), “Ҷомӣ дар Европа” (ба забони олмонӣ, Тошканд, 2016), “Глобализм ва маънавияти миллӣ” (ба забони ӯзбекӣ, Тошканд, 2016), “Таълимоти Нақшбандия ва ваҳдати маънавии халқҳои Осиёи Марказӣ” (ба забони ӯзбекӣ, Тошканд, 2018), “Хоҷа Муҳаммад Порсои Бухороӣ. Зиндагӣ ва мероси фалсафӣ-ирфонии ӯ” (Тошканд, 2020, ба забони ӯзбекӣ), “Драмаи тафаккур” (Тошканд, 2023, ба забони ӯзбекӣ), “Рӯзгор ва осори ду адиби гумном: Мирзо Абдухолиқзодаи Самарқандӣ ва Ороми Понғозӣ. Очеркҳои таърихӣ-ҳуҷҷатӣ” (Тошканд, 2023, ба забони тоҷикӣ), “Шарқ ва Ғарб: мулоқоти тамаддунҳо. Эссеҳои фалсафӣ” (Тошкент, 2024, ба забони ӯзбекӣ), ҳаммуаллифи китобҳои “Симои фарҳангии Ӯзбекистон” (ба забони форсӣ, Теҳрон, 2004), “Эроншиносони Ӯзбекистон” (ба забони форсӣ, Теҳрон, 2005), “Донишномаи забон ва адабиёти форсии Ӯзбекистон: қарни бистум то кунун” (ба забони форсӣ, Теҳрон, 2006), “Омӯзиши адабиёти форсӣ-тоҷикӣ дар мактабҳои тоҷикии Ӯзбекистон” (ба забони форсӣ, Теҳрон, 2006), “Ҷойгоҳи адабиёти форсӣ дар адабиёти ҷаҳон” (ба забони ӯзбекӣ, Тошканд, 2012) мебошад.