Бо заҳматҳои ӯ аввалин бор фанҳои омӯзишии “Фалсафаи тасаввуф”, “Ҳерменевтикаи фалсафаи тасаввуф”, “Таърихи тасаввуф ва ҷараёни шаклгирии тариқатҳо”,“Равоншиносии тасаввуф”, “Илоҳиётшиносии тасаввуф”, “Ҳерменевтикаи адабиёти ирфонӣ”, “Ҳерменевтикаи шеъри ирфонӣ”, “Ирфонпажӯҳии татбиқӣ”, “Манбаъшиносии тасаввуф” поягузорӣ ва роҳандозӣ шуд, аввалин барномаҳои омӯзишӣ ва кутуби дарсии ин фанҳо бо қалами ӯ таълиф ва мунташир гардид. Дар ҳоли ҳозир даҳҳо нафар шогирдони Ҷаъфар Холмӯъминов дар мақтаъҳои магистратура ва докторантураи (Ph.D ва DSc) Донишгоҳи ховаршиносии Тошканд ва дигар донишгоҳҳои Ӯзбекистон машғули таҳсил ва таҳқиқ мебошанд.
Ҷаъфар Холмӯъминов узви фаъоли даҳҳо созмонҳои илмӣ, адабӣ ва фарҳангии ватанӣ ва хориҷӣ мебошад. Аз ҷумла, вай профессори Академияи Улуми байналхалқии Antique World (Европа – Юнон, 2011), узви Иттиҳоди нависандагони Ӯзбекистон (2018), узви Иттифоқи байналмилалии нависандагон ва табибон (Тоҷикистон, 2019), узви Иттифоқи нависандагони Тоҷикистон (2021), узви Шӯрои илмии дифоъ аз поённомаҳои докторӣ (дар чаҳор риштаи улуми фалсафа) дар назди Донишгоҳи Миллии Ӯзбекистон, муъовини раиси Семинори илмӣ дар ҳузури ин Шӯрои илмии Донишгоҳи Миллии Ӯзбекистон (Тошканд, аз соли 2022 то кунун), узви Анҷумани илмии нақди адабии Эрон (2021), узви Анҷумани адабии Хонаи шеъри Эрон (2022), узви Шӯрои раҳбарии Бунёди ҷаҳонии Сухангустарони Сабзманеш (Эрон, 2022), узви Академияи байналмилалии фарҳанг ва адабиёт ELIAS SHAGAR (2022), муъовини раиси Шӯрои адабиёти шифоҳӣ ва мактуби Маркази таблиғотии фарҳанг ва ҳунари Ӯзбекистон “Умрбоқий мерос” (Тошканд, 2022) ва ғайра мебошад.