Ҷаъфар Холмӯъминов дар солҳои 2018–2021 ба унвони раиси Маркази миллӣ-фарҳангии тоҷикони Ӯзбекистон фаъолият дошт. Дар ин давраи кӯтоҳ (2 солу 2 моҳ) бо раҳбарӣ ва саъйу талошҳои ӯ беш аз шаст конференсияи илмӣ, нишасти фарҳангиву адабӣ ва бузургдошти чеҳраҳои барҷастаи адабиёти форсӣ-тоҷикӣ дар шаҳри Тошканд ва нуқоти мухталифи кишвар баргузор гардид, панҷ шӯъбаи ноҳиявии Маркази миллӣ-фарҳангии тоҷикони Ӯзбекистон дар ноҳияи Деҳқонободи вилояти Қашқадарё, дар ноҳияҳои Узун, Сариосиё, Деҳнав ва Олтинсойи вилояти Сурхондарё ва як шӯъбаи вилоятии Маркази миллӣ-фарҳангии тоҷикони Ӯзбекистон дар вилояти Фарғона таъсис ёфт, беш аз 20 китоби илмӣ ва адабӣ ба забони тоҷикӣ ба чоп расид, чанд ҳазор адад китоб ба китобхонаҳои марказӣ, ба китобхонаҳои донишгоҳҳо ва мактабҳои тоҷикии кишвар ва ба китобдӯстон тақдим гардид. Ҷаъфар Холмӯъминов дар даҳҳо конференцияҳои илмии байналмилаливу ватанӣ ва хориҷӣ дар мавзӯъҳои гуногун суханрониҳои илмӣ ва дар даҳҳо ҷашнвораи байналмилалии шеър мушоира доштааст.
Ҷаъфар Холмӯъминов чанд сол дар Донишгоҳи давлати шарқшиносии Тошканд (2006–2008; 2012; аз соли 2020 то кунун), Донишгоҳи давлатии забонҳои ҷаҳони Ӯзбекистон (2012–2016), Донишгоҳи давлатии забон ва адабиёти ӯзбекӣ ба номи Алишери Навоӣ (2019-2020), Академияи Қувваҳои мусаллаҳи Ӯзбекистон (солҳои 2021–2023) ба тадрис машғул шуд. Аз моҳи сентябри соли 2020 ба унвони дотсент ва аз соли 2023 ба унвони профессори кафедраи “Манбаъшиносӣ ва герменевтикаи тасаввуф”-и Донишгоҳи давлатии ховаршиносии Тошканд тадрис мекунад. Бо ибтикор ва талошҳои Ҷаъфар Холмӯъминов дар кафедраи “Манбаъшиносӣ ва ҳерменевтикаи тасаввуф”-и донишгоҳи мазкур аввалин бор ихтисоси “Ҳерменевтикаи тасаввуф” дар мақтаъи магистратура поягузорӣ ва роҳандозӣ шуд.