Ҷаъфар Холмӯъминов дар авохири соли 1998 ба шаҳри Тошканд – пойтахти Ҷумҳурии Ӯзбекистон омад ва дар солҳои 1999–2003 дар бахши докторантураи Академияи Сохтори давлат ва ҷамъият дар назди Президенти Ҷумҳурии Ӯзбекистон таҳсил намуд ва дар ин муддат бо роҳнамоии олими барҷастаи улуми адабиёт ва тасаввуфу ирфон профессор Наҷмиддин Комилов ба навиштани диссертатсияи доктории хеш пардохт ва дар соли 2003 дар Шӯрои илмии дифоъ аз поённомаҳои докторӣ дар заминаи улуми шарқшиносии Донишгоҳи исломии Тошканд вобастаи Девони Вазирони Ҷумҳурии Ӯзбекистон аз рисолаи худ таҳти унвони “Ҷаҳонбинии тасаввуфӣ-ирфонии Абдураҳмони Ҷомӣ (Бар асоси рисолаи “Шарҳи рубоиёт фӣ исботи ваҳдати вуҷуд”)” дифоъ намуд ва дараҷаи илмии доктори фалсафа (Ph.D)- ро бо ихтисоси “Назарияи диншиносӣ” дарёфт кард.
Ҷаъфар Холмӯъминов аз соли 1999 то соли 2013 дар Ройзании фарҳангии Сафорати Ҷумҳурии Исломии Эрон дар Ҷумҳурии Ӯзбекистон ба унвони сармутарҷим, коршиноси аршади адабӣ-илмии ин ройзании фарҳангӣ, ҳамчунин, ба унвони муъовини сардабир, баъдан ба унвони сардабири маҷаллаи илмӣ-адабӣ, фалсафӣирфонӣ ва фарҳангии “Сино” фаслномаи Ройзании фарҳангии Эрон, ифои вазифа намуд ва дар рушду густариши равобити адабӣ, илмӣ ва фарҳангии Ӯзбекистону Эрон саҳми қобили мулоҳиза гузошт. Аз ҷумла, бо ҳамкории доктор Иброҳим Худоёр, доктор Аббосалӣ Вафоӣ, Саййид Ҷавод Ҷалолии Киёсарӣ, доктор ҳабиб Сафарзода, Ҳамид Мустафавӣ ва Муҳсин Пурмуҳсинӣ дар муъаррифии адабиёти ӯзбекӣ ва ҳавзаи адабиёти форсӣ-тоҷикии Ӯзбекистон дар Эрон ва муъаррифии адабиёти клоссик ва муъосири Эрон дар Ӯзбекистон як силсила корҳои арзишмандеро анҷом дод.