Таҳқиқотҳои бостоншиносон, рисолаву асарҳои онҳо дар заминаи ковишҳои археологӣ мавриди таваҷҷуҳи мутахассисон ва марказҳои калони илмӣ гардиданд. Махсусан, асарҳои Б. А. Литвинский, И.
Зеймал А. И. Исҳоқов, Л. Т. Пянкова, В. А. Ранов, Т. М. Атахонов, Э. Г. Ғуломова, Б. И. Маршак, Б.Я.Ставиский, Н.Неъматов, М.А.
Бубнова, Ю.Ёқубов, Е.П.Денисов, В.С.Соловёв, А.Абдуллоев, Д.
Довудӣ, Ӯ. Пўлодов, А. Мирбобоев, С. Г. Хмелнитский, В. А. Воронина, Р. С. Муқимов, С. Мамадҷонова, Н. Раҳимов, О. Панфилов, У.
Эшонқулов, С. Бобомуллоев, А. Раззоқов, Қ. Шарофов, Т. Г. Филимонова, Г. Каримова, Т. Хўҷагелдиев ва дигарон дар рушд ва пешрафти илми бостоншиносии тоҷик нақши арзандаро соҳиб мебошанд.
Солҳои 90-ум вобаста ба вазъи ба миён омада ва қатъ гаштани маблағгузории дохилӣ, корҳои бостоншиносӣ танҳо аз ҳисоби дастгирии шарикони хориҷӣ гузаронида мешуданд. Бостоншиносони институт солҳои зиёд бо мутахассисони Институти шарқшиносии Академияи илмҳои Руссия, Эрмитажи Давлатии Санкт-Петербург, Институти таърихи маданияти моддии АИР, инчунин бо бостоншиносони Олмон, Франсия, Италия, Ҷопон ва Чин ҳамкории пайваста доранд. Ҳамкории тарафайн ба вусъати корҳои бостоншиносӣ, тармими бозёфтҳои кашфшуда ва интишори натоиҷи таҳқиқотҳо ҳаматарафа мусоидат менамоянд.
Дар даҳсолаи аввали асри нав аз тарафи мутахасисони шуъба як зумра корҳои таҳқиқотӣ, ба монанди Н. М. Виноградова «Тоҷикистони Ҷанубу Ғарбӣ дар давраи биринҷӣ» (2004), В. А. Ранов ва Г. Р.
Каримова «Ҳамвории афғону тоҷик дар асри санг» (2005), А. Исҳоқов «Саразм оғози тамаддуни халқи тоҷик» (2005), Б. А. Литвинский ва И.
Р. Пичикян «Маъбади элинии Амударё» дар се ҷилд (2001, 2003, 2010), Ю. Яқубов, Д. Довудӣ, Т. Г. Филимонова «Таърихи Кўлоб аз давраи қадим то рўзгори мо» (2006), Н. М. Виноградова, В. А. Ранов, Т. Г.
Филимонова «Ёдгориҳои Кангурттут дар Тоҷикистони Ҷанубу Ғарбӣ (давраи неолит ва асри биринҷӣ)» (2008), аз силсилаи «Харитаи бостоншиносии Тоҷикистон» ду асари пурарзиши М. А. Бубнова доир ба Помири Ғарбӣ (1997, 2007) нашр шуданд.
Дар ташвиқу тарғиби дастовардҳои бостоншиносии тоҷик таъсиси Осорхонаи миллии бостонии Тоҷикистон дар назди институт (1996) нақши муассир гузошт. Дар он бозёфтҳои ҷолиб ва пурарзиш ба маъраз гузошта шудаанд, ки танҳо дар ҳудуди Тоҷикистон кашф шудаанд. Дар толорҳои он бозёфтҳои бостоншиносии аз Саразм, Тахти Сангин, Аҷинатеппа, Панҷакенти Қадим, Шаҳристон, Хулбук, Фархор, Куркат, Кофирқалъа ва амсоли онҳо кашф шуда, ба намоиш гузошта шудаанд.