Агар то ин вақт асосан масъалагузорӣ тариқи халқи тоҷик дар ҳайати ин ё он давлатҳо ба амал меомад, акнун бевосита таърихи тоҷикон вобаста ба марҳалаҳои асосии таърихӣ мавриди таҳқиқ қарор гирифтанд.
Баробар ба ин асари бунёдии шашҷилда олимони институт даҳҳо монография, садҳо таҳқиқоту мақолоти илмӣ доир ба самтҳои мухталифи таъриху фарҳанг, археологияю этнология ва дигар шохаҳои таърихи халқи тоҷик навиштаанд. Албатта овардани номгўи пурраи онҳо дар доираи як мақола ғайриимкон аст, вале мо кўшиш ба он мекунем, ки муҳимтарин дастоварди олимони институтро дар ин марҳала ба таври мушаххас номбар намоем. Аз ҷумла дар ин солҳо асарҳои Р. М. Масов «Масоили муҳимми таърихнигорӣ ва таърихи халқи тоҷик», А. Мухторов «Аз таърихи Мовароуннаҳри асри XVI», «Тавсифномаи умумии шаҳри Балх дар асрҳои миёна», Ҳ. Пирумшоев «Кашшофи нақди таърих», «Руссия-Тоҷикистон: таърихи муносибатҳои тарафайн» (бо ҳаммуаллиф), Н. Ҳотамов «Таҳаввулоти иҷтимоию иқтисодии Ҷумҳурии Тоҷикистон дар давраи соҳибистиқлолӣ (1991-2006)» ва «Сарнагун гардидани тартиботи амирӣ дар Бухоро», Р.Абулҳаев «Таърихи муҳоҷират дар Тоҷикистон (1924-2000), «Таърихи муҳоҷират дар Тоҷикистон (солҳои 1961-2000)», Л. Додхудоева «Маданияти ороиши китобҳои Осиёи Миёна ва Ҳиндустони асрҳои XVI-XIX», «Пешсафӣ дар фарҳанги Осиёи Марказӣ дар замони қадим ва асрҳои миёна», М. Наимов «Россия ва Тоҷикистон»
(дар ҳаммуаллифӣ), А.Саидов «Фарҳанги маънавӣ ва моддии халқи тоҷик дар асрҳои XVII – нимаи аввали XVIII», «Ишораҳо ба таърих ва оинҳои тоҷикони Хитой», чопи китоби Ҷамол-ал-Қаршӣ «Мулҳақот-ас-Сураҳ», «Вазъи сиёсӣ ва иҷтимоӣ-иқтисодии хонигарии Бухоро дар асрҳои XVII – нимаи аввали XVIII», Ҳамза Камол «Аз таърихи мазорҳои Тоҷикистони Шимолӣ», «Таърихи ҳуҷуми қабоили кўчии Дашти Қипчоқ ба Мовароуннаҳр ва Хуросон (асри XVI)», С. Бобомуллоев «Таъсисёбии Экспедитсияи бостоншиносии Тоҷикистон ва фаъолияти он дар солҳои 40-50-ум», «Таърихи омўзиши ёдгориҳои таърихии Тоҷикистони Ҷанубӣ (асрҳои XX – ибтидои XXI», Н.Хоҷаева «Дарёфти ҷойгиршавии кўҳҳои Хара Березаити, дарёҳои Вахви-Дат, Ранха ва баҳри Ворукаша», Ф. Абдурашитов «Ислоҳоти замину об», А. Ғафуров «Кумитаҳои инқилобии Тоҷикистон», В. В. Дубовитский «Фаъолияти Шуъбаи туркистонии Ҷамъияти ҷуғрофии Руссия оид ба омўзиши ҳудуди Тоҷикистон (1897-1917)» ва асарҳои дастаҷамъии «Таърихи ВМБК» (ду ҷилд), «Очеркҳои таърихи Тоҷикистони соҳибистиқлол» ва даҳҳо монографияю маҷмўаҳои дигар аз чоп баромаданд.
Яке аз самтҳои асосии дигари фаъолияти институт ин омўзиши археологии ҳудуди кишвар мебошад. Дар фавқ оид ба оғози корҳои бостоншиносӣ дар ҷумҳурӣ алакай маълумот дода шуд.