бе ягон тағйироти ҷиддие дар чунин шакл боқӣ монд. Бо қарори Раёсати АИ ҶШС Тоҷикистон аз 26 июни соли 1986 ба ивази 10 сектори мавҷуда дар сохтори институт 8 шуъба, аз ҷумла, таърихи асрҳои миёна ва давраи нав, таърихи навтарин, бостоншиносӣ, мардумшиносӣ, таърихи санъат, таърихи илм ва техника ташкил ёфтанд.
Имрўз дар сохтори институт шаш шуъба – таърихи қадим, асрҳои миёна ва давраи нав, таърихи навтарин, бостоншиносӣ, этнология ва антропология, таърихи санъат, таърихи илм ва техника, ду осорхона ва чор пойгоҳи бостоншиносӣ мавҷуд мебошанд.
Шуъбаи таърихи асрҳои миёна ва давраи нав дар таҳқиқи таърихи сиёсӣ, иқтисодию иҷтимоӣ ва фарҳангии давраи ниҳоят тўлонии халқи тоҷик аз ибтидои фаъолияти худ нақши бориз гузоштааст. Пас аз ташкил ёфтани шуъбаи алоҳида роҳбарии онро то соли 1991 академик А. Мухторов, сипас Л. Н. Додхудоева (1992), Ю. С. Малтсев (1992-1996) ва охири соли 1996 доктори илмҳои таърих, профессор Ҳ.
Пирумшоев ба зимма доштанд. Соли 1996 ба номи шуъба низ дирагунӣ ворид карда шуд ва он расман Шуъбаи таърихи қадим, асрҳои миёна ва давраи нав ном гирифт. Аз соли 2019 ифои вазифаи мудири ин шуъба ба зиммаи д.и.т., профессор Ҳамза Камол вогузор шудааст.
Нахустин мудири сектори таърихи ҷомеааи шўравӣ В.А. Козачковский таъин гардид. Аз ибтидои ташкилёбӣ то имрўз шуъбаи мазкур ба таҳқиқу омўзиши ҳамаҷонибаи таърихи замони шўравӣ ва аз соли 1991 таърихи замони истиқлол машғул мебошад. Дар ин муддат роҳбарии шуъбаро олимони шинохта н.и.т. Ю. Николаев (1960- 1963), н.и.т. К. П. Марсаков (1963-1974), академик Р. М. Масов (1974-1988), д.и.т., профессор Р. А. Абулхаев (1988-1999), н.и.т., дотсент А. М. Ғафуров (1999 – то имрўз) ба зимма доштанд.
Шуъбаи бостоншиносӣ ва сиккашиносии институт, ки ҳамқадами муассиса аст, дар омўзиш ва таҳқиқи таърихи қадимтарин ва ёдгориҳои зиёди бостонии ҷумҳурӣ нақши муассирро соҳиб мебошад. Аз ибтидо роҳбарии ин шуъбаро академики оянда, бостоншиноси шинохта Б. А. Литвинский (1951-1971), яке аз поягузорони илми бостоншиносии тоҷик ба зимма дошт. Баъдан шуъбаро бостоншиноси шинохта, муҳаққиқи барҷастаи асри санг, узви вобастаи Академияи илмҳо В. А. Ранов (1971-1989), бостоншиноси тоҷик, академик Ю.
Яъқубов (1989-2011), н.и.т. Т. Г. Филимонова (2011-2015), д.и.т. С. Ғ.
Бобомуллоев (2015-2017) ва н.и.т. Н. Н. Сайфуллоев (аз соли 2017) роҳбарӣ намудаанд.
Шуъбаи мардумшиносӣ (этнография) аз ибтидо маркази ягонаи илмии таҳқиқоти этнологӣ дар ҷумҳурӣ маҳсуб меёфт. Нахустин мудири он н.и.т. А. К. Писарчик буд ва баъдан шуъбаро н.и.т. Н. Н.
Ершов (1965-1971), М. А. Ҳомидҷонова (1971-1985), д.и.т. И.
Муҳиддинов (1985-1990), н.и.т. З. Юсуфбекова (1990-1998), н.и.т. З.