Муҳоҷирати оммавии тоҷикон сар шуд ва аксари аҳли зиё ва ҳунари тоҷик пароканда шуд. Академик Б.
Ғафуров ҳаёти хоҷагии пас аз истилои муғулро таҳлил намуда, таъкид менамояд, ки гарчанде «истилои муғул сохти ҷамъиятии Осиёи Миёнаро тағйир надод», вале ба ҳаёти хоҷагии он зарбаи сахт расонид». Муғулҳо ҳатто пас аз истилову тороҷ «масъулияти бо хўрок ва пўшок таъмин намудани дастаҳои ҳарбии дар шаҳру деҳот гузошташуда»-ро низ ба зиммаи мардуми тороҷшуда гузошта буданд (саҳ. 610). Тиҷорати дохилӣ дар кишвар «тадриҷан ба дараҷаи соддатарин доду гирифти молӣ таназзул намуд» (саҳ. 611).
Ҳуҷуми муғул ба нуфузи этникии минтақа низ таъсири манфӣ расонид ва дар баробари вуруди ўрдуи Чингизу чингизиён қабоили нави турку муғули саҳрогард ба Осиёи Миёна ворид шуда, онро ҷои сукунати доимии худ қарор доданд. Дар замони хонҳои минбаъдаи муғул низ сиёсати давлатии муҳоҷиркунии муғулҳо ба заминҳои ишғолкарда ва маскунгардонии онҳо, ба хотири мустаҳкам намудани марз ва нигоҳ доштани теъдоди нажодии худ сурат гирифт. Маъхазҳои таърихӣ ва муҳаққиқони таърихи давраи истило ва ҳукмронии муғулҳо таъкиди академик В.В.
Бартолдро низ оид ба он, ки «истилои муғул бо кўчиши бузурги халқҳо пайвастагие надорад» комилан рад менамояд. И. П. Петрушевский ин мавқеи В.В. Бартолдро пурра инкор намуда, таъкид менамояд, ки истилои муғул на танҳо боиси кўчиши бузурги қабоили муғулу турки биёбонгард ба Варорўду Хуросон гардид, балки сабаби «кўчиши бузурги қабоили турки биёбонгард ба кишварҳои ғарбӣ» ҳам шуд.