сахти ҳукумат дучор шуданд. Рӯзҳои 23-24 апрел бо фармони амир садҳо маорифпарварону озодипарастон таъқиб гардиданд. Ҳукумати амирӣ С.Айниро низ, ҳарчанд дар намоиши шукрона ширкат надошт, 75 чӯб зада ба зиндон партофт. Аскарони инқилобӣ С. Айниро дар қатори дигар ислоҳотхоҳон аз зиндон озод намуда, ба беморхонаи Когон бурданд. Дар он ҷо нависанда 52 рӯз табобат карда, 25 амалиёти ҷарроҳӣ аз сар гузаронд. Баъд Айнӣ ба Самарқанд, ки дар тасарруфи Русия буд, сафар кард ва қисми зиёди умри минбаъдаи худро дар ин шаҳр гузаронд.

Ҳодисаи дигаре, ки ба худогоҳии С.Айнӣ мусоидат карда, мавқеи ӯро ба сиёсати аморати Бухоро тамоман муайян намуд, воқеаи Колесов буд. Бар асари ин ҳодиса 9-уми марти соли 1918 бародари нависанда - Сироҷиддин ба қатл расонда шуд. С. Айнӣ ба ин муносибат марсияи пурсӯзу гудозе навишт, ки банди аввалаш ин аст:

Дӯстон! Фоҷиаи сахт биомад ба сарам,
Рафт аз ин фоҷиа рӯҳ аз тану нур аз басарам.
Хабаре омаду рафт аз дилу ҷон тоқату ҳуш,
Баъд аз ин кай шавад аз ҳушу дилу ҷон хабарам!
Хабар ин аст, ки бо теғи ситам кушта шудаст,
Додарам - қуввати рӯҳу дилу қути ҷигарам.
Ҷигарам об шуду рехт зи ду чашми тарам,
Ҷигарам, во ҷигарам, во ҷигарам, во ҷигарам!

Ҳукумати амирӣ Айниро дар Самарқанд ҳам таъқиб кард ва аз ҷосусони дар Самарқанд будаи худ қатли нависандаро дархост намуд. С.Айнӣ бо ёрӣ ва дастгирии инқилобиёни Самарқанд ба Тошканд фирор мекунад ва аз 22 апрел то 22 октябри соли 1918 дар он ҷо мемонад. Баробари бартараф шудани хатар ба Самарқанд баргашта, дар яке аз мактабҳои усули нав ба касби