Бо дастгирии Ҳукумати Япония ва таҳти роҳбарии Хазинаи Байналмилалии Асъор моҳи октябри соли 1996 ҷаласаи машваратии кишварҳои донор баргузор гардид, ки нахустин маротиба лоиҳаҳои иқтисодии Тоҷикистон, ки бо иштироки мутахассисони байналхалқӣ тарҳрезӣ шудаанд, пешниҳод гардиданд. Пас аз ин, ҷаласаҳо аз рӯи навбат дар Токио ва Душанбе доир гаштанд. Аз рӯи натиҷаҳои ин ҷаласаҳо қароре қабул карда шуд, ки мувофиқи он ба Ҷумҳурии Тоҷикистон барои лоиҳаҳои тараққиёти ҷумҳурӣ 185 млн. доллар ҷудо карда шуд.

Сарвазири Ҷумҳурии Тоҷикистон соли 1998 ҳангоми сафар ба Япония бо роҳбарияти он кишвар ҳамчунин бо роҳбарони бузургтарин ширкатҳои японӣ ҷиҳати ҳамкориҳои дуҷониба бо Япония мулоқот карда, масъалаҳои ба Ҷумҳурии Тоҷикистон додани қарзҳои имтиёзнок, расонидани ёрии башардӯстона ва ҷалб намудани сармояи хусусиро мавриди баррасӣ қарор дод. Ва худи ҳамон сол тарафи японӣ омодагии хешро барои расонидани кӯмаки навбатӣ ба миқдори 10 млн. доллар изҳор намуд.

Сафари муовини Вазири корҳои хориҷии Япония ҷаноби Такеми Кейдзо моҳи августи соли 1998 ба Ҷумҳурии Тоҷикистон дар муносибатҳои дуҷониба воқеаи муҳим буд. Дар ҷараёни мулоқотҳои дуҷониба бори дигар масъалаи вусъат бахшидани ҳамкориҳои Япония ва Ҷумҳурии Тоҷикистон мавриди баррасӣ қарор дода шуд.

Ҳукумати Япония ба Ҷумҳурии Тоҷикистон 1 тонна доруворӣ фиристод. Ҳамчунин Ҳукумати Япония дар муддати 5 сол 500 мутахассисони соҳаҳои гуногуни хоҷагии халқи Тоҷикистонро дар Япония барои омӯзиш даъват менамояд.

20-21 июн ва 12 сентябри соли 2000 ҳайатҳои олирутбаи ҳукуматии Япония бо сарварии вакили Палатаи Намояндагон ҷаноби Мунзо Судзуки ва директори генералии департаменти Европа ва Океанияи Вазорати корҳои хориҷии Япония ҷаноби Кадзухико Того барои шиносӣ бо вазъи сиёсӣ ва иқтисодии Ҷумҳурии Тоҷикистон ва таъмиқи ҳамкории мутақобилан судманди тиҷоратию иқтисодӣ ба ҷумҳурӣ ташриф оварданд.