Дар асоси ин қарор дар пойгоҳи сектори таърихи асрҳои миёна шуъбаи таърихи асрҳои миёна ва нав таъсис дода шуд (ба ҳайси мудири шуъба доктори илмҳои таърих А. Мухторов таъйин гардид). Кор мисли пештара дар атрофи проблемаи «Таърихи иҷтимоӣ-иқтисодии Осиёи Миёна» пеш бурда мешуд. Дар доираи он талабот чунин корҳои ҷолибу рўзмарра аз қабили «Аз таърихи ҳаракатҳои халқӣ дар Осиёи Миёна» (Маҷмўаи мақолаҳо), «Феҳристи ёдгориҳои катибавии Осиёи Миёна асрҳои XVI-XVII» (дар ду ҷилд), китоби Ш.
Юсупов «Аз таърихи тоинқилобии шаҳри Душанбе» ва ғайра ба чоп расонда шуданд.
Дар ҳадди солҳои 80 ва 90-уми асри гузашта Институт бевосита ба таълифи таҳқиқоти шашҷилдаи «Таърихи халқи тоҷик» оғоз намуда, барои ин иқдоми ниҳоят ҳалталаби таърихнигории миллӣ тамоми қувваро сафарбар намуд. Шуъбаи таърихи асрҳои миёна аз ин ташаббус дар канор буда наметавонист. Акнун навиштани ҷилдҳои сеюму чаҳорум дар нақшаи илмӣ-тадқиқотии тамоми кормандони шуъба мавқеи марказиро ишғол мекард.
Пош хўрдани ИҶШС ба раванди қавию бемайлони илм бетаъсир буда наметавонист. Ин дар фаъолияти Интитути таърих, бостоншиносӣ ва мардумшиносии ба номи А.Дониш ва шуъбаҳои он, аз ҷумла таърихи асрҳои миёна пурра эҳсос мешуд. Ин давра барои шуъба мушкилот зиёде ба бор овард. Дар сатҳи ниҳоят пасти иқтидори касбии илмӣ қарор доштани аксари мутлақи кормандони шуъба гувоҳи вазъи мураккаби ба амал омада, буда метавонад. Ба ниҳоят паст шудани музди меҳнат нигоҳ накарда, ходимони илмӣ барои ба иҷро расондани нақшаҳои илмӣ ҷиддан талош меварзиданд.
Нишондиҳандаи чопии шуъба дар нимаи аввали солҳои 90-ум панҷ рисолаи илмӣ, аз ҷумла дар хориҷи мамлакат ба чоп расида, як маводи таълимӣ, ду ҷузвия (брошюра) ва даҳҳо мақолаю тақризҳои дар маҷаллаҳои илмӣ нашр шударо дар бар мегирифт.
Баъди ба нафақа рафтани мудири шуъба академик А. Мухторов соли 1992, масъулияти ин вазифа сараввал ба зимаи Лола Додхудоева ва баъди як сол ба ўҳдаи Ю. С. Малтсев гузошта шуд. Иваз шудани роҳбарияти шуъба ба раванди фаъолияти он таъсири ҷиддӣ расонда натавонист. Агар аз баъзе корҳои (аксаран мақолаҳо) Л. Н.
Додхудоева, Ю. С. Малтсев, А. Саидов, Қ. Махсумов сарфи назар назар кунем, қариб тамоми вазни иқтидори чопии шуъба ба таълифоти А. Мухторов рост меомад. Вале ба ҳамаи мушкилот нигоҳ накарда, дурнамои нақшаи кории дар давраи роҳбарии А. Мухторов тасдиқшуда, ҳамоно дар маркази фаъолияти ходимони илмии шуъба қарор дошт.
Соли 1993 А. Мухторов як қатор корҳои барои 2500-солагии шаҳри Уротеппа ба нақша гирифтаро ба итмом расонд. Аз ҷумлаи онҳо «Хаттоти хушнавис Мирҳусайн Ҳусайни Истравшонӣ» (2 ҷ.ч.