Яке аз пурмаҳсултарин муҳаққиқи ин солҳо академик А. Мухторов маҳсуб меёфт, ки дар давоми солҳои 1993-1998 китобу таълифоти зиёде ба монанди «Хаттоти хушнавис Мирҳусайн Ҳусайни Истравшанӣ», «Гузарҳои Ӯротеппа», «Таърихи Ӯротеппа дар асрҳои XVI-XIX», ба чоп тайёр кардани «Ёддоштҳои амири Бухоро», «Топография таърихии Балх» (маҷаллаи «Ошно», Теҳрон) ва нашри ҳамин китоб дар Ню-Йорк, китоби дарсии «Таърихи халқи тоҷик» барои синфҳои 8-9 (бо Б. А. Литвинский), омода намудани рисолаи Муҳаммадалии Балҷувонӣ «Таърихи нофеъӣ», «Ҳисор. Очерки таърихӣ (охири асри XV – ибтидои асри XX)», «Ҳокимони Ҳисор», «Ҳокимони Ӯротеппа (асрҳои XV-XIX)», «Амирону вазирони Сомониён» «Асрори номаҳо», «Академик Бобоҷон Ғафуров», «Таърихи халқи тоҷик» (китоби дарсӣ барои синфҳои 8-10) ва ғайраро ба анҷом расонид. Ҳамин солҳо китобу таҳқиқоти Б. Искандаров «Таърихи Помир», Ҳ. Пирумшоев «Таърихи омўзиши Шўриши Восеъ» ва «Муносибатҳои Русия ва Осиёи Миёна асрҳои XVI – миёнаи XIX дар таърихнигории рус», маҷмўаи илмии «Руссия дар қисмати таърихии халқи тоҷик», С. Бобомуллоев «Болооби Зарафшон дар ҳазорсолаи II то милод» ба чоп расиданд.
Муҳаққиқони таърихи давраи навтарин низ дар ибтидои замони Истиқлол новобаста аз мушкилот ҷойдошта, дар роҳи таҳқиқу баррасии таърихи кишвар мўшикофона заҳмат кашида, асару таҳқиқоти ҷолибро пешкаши ҷомеа намуданд. Махсусан, омода ва нашри маводи ҳуҷҷатии «Маърўзаҳо, мақолаҳо ва суханрониҳои Нусратулло Махсум», маҷмўи мақолоти «Фидоии миллат», монографияи Н. Б.
Ҳотамов «Вожгун шудани тартиботи амирӣ дар Бухоро» (1997) ва дигар таълифот аз дастовардҳои кормандони Институт мебошад. Ин таҳқиқотҳо, ки бидуни фишор ва маҳдудияти идеологӣ таълиф шудаанд, бо истифода аз маводу маъхазҳои нав таърихи замони шўравӣ, ба вижа раванди барпошавиии Ҳокимияти Шўравӣ, ҳаводиси инқилобӣ дар аморати Бухороро бо диди нав мавриди таҳлилу таҳқиқ қарор додаанд. Яке аз таҳқиқоти назарраси ин давра асари сегонаи академик Р. М. Масов маҳсуб меёбад, ки бори нахуст раванди мураккаби таъсисёбии давлатдории тоҷиконро дар ибтидои давраи шўравӣ дар заминаи санаду далелҳои бойгонӣ ба маърази таҳқиқ гузошт. Аз ҷумла, рисолаҳои «Таърихи табартақсим» (1991), «Тоҷикон: таърих бо мўҳри «комилан махфӣ» (1995) ва каме баъдтар «Тоҷикон: фишороварӣ ва ассимилятсия» (2003) бори аввал ба рўшансозии сиёсати тоҷикситезӣ ва поймолсозии ҳуқуқи тоҷикон дар рафти марзбандии миллию ҳудудӣ, ки дар замони шўравӣ яке аз мавзуҳои комилан пўшида буд, равона гардиданд. Академик Р.М.
Масов соли 2008 бо таҳриру иловаҳо ин се китобро зери унвони ягонаи «Тоҷикон: таърихи фоҷиаи миллӣ» аз нав чоп кард.